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安隆科讯春节放假公告

各位给予安隆科讯支持的老师们:   您们好!我们安隆科讯的春节放假时间定为1月20日-2月2日,2月3号(正月初七正式上班)。节假日期间如果您有什么需要咨询或者帮助以及有推荐文章或者反馈意见的,依然可以通过邮箱sales@anachro.com,或者通过微信公众号(安隆代谢组)给我们留言,我们会尽快回复您的消息!   提前祝各位老师新年快乐,万事如意,大吉大利!

2016春季培训班圆满结束

4月16-17日  武汉

武汉安隆科讯开展了为期两天的代谢组培训班活动,期间共有11位老师分别对代谢组学实验方法及操作流程、NMR基础及数据处理、LC-MS基础及数据处理、GC-MS基础及数据处理、统计学数据解析、代谢组学实验策略及文章、如何选择合适的统计学方法及脂质组学研究进展等方面进行了介绍。为保证培训班的质量,这一期实行小班授课,且每节课程都设有互动环节,大家可以对有疑问的地方当堂提问。培训班现场气氛十分活跃,随着课程的进行每每出现整齐的翻动书页的声音,这认真的氛围让在场的小编都感到与有荣焉~

这期培训班没有报上名的老师也别担心,安隆科讯计划每年开展4期培训班活动,期待下一期培训班能够与您相遇,如果您对我们的培训班有什么好的建议和意见,欢迎将您的建议发送到sales@anachro.com这个邮箱,我们会定期送上答谢小礼品哦~

培训班咨询电话:027-87258771   
培训班咨询 QQ:800082094

安隆科讯春节放假公告

各位给予安隆科讯支持的老师们:   您们好,由于特殊安排,我们今年的放假时间会比往年早一点,春节放假时间定为1月29日-2月13日,我们将于2月14日(正月初七)开始正常上班。节假日期间如果您有什么需要咨询或帮助的,依然可以通过邮件sales@anachro.com,或者通过微信公众号(安隆代谢组)给我们留言,我们会尽快回复您的消息!   提前祝各位老师新年快乐!猴年大吉!

2016代谢组暨多元变量统计分析培训班(第一期)

2016代谢组暨多元变量统计分析培训班(第一期)

Training course of metabolomics & MVDA.2016(1st)

代谢组学( Metabolomics )是继基因组学和蛋白质组学之后发展起来的一门新兴学科,在疾病、药毒药理、植物、微生物、食品、营养等多个研究领域正扮演着越来越重要的角色。随着研究的不断深人,代谢组学在实验设计、分析平台、数据处理及整体流程上都面临了越来越多的挑战。 武汉安隆科讯技术有限公司代谢组培训班将邀请国内从事不同代谢组研究的专家学者们一起,围绕当今代谢组学的研究热点及前沿领域,为大家深度探讨如何将代谢组学技术与自己的研究领域完美结合、目前国际上的先进代谢组学分析技术与数据处理经验以及相关文章的撰写与发表等。

 培训时间:

2016年 4月16-17日

 培训地址:

 武汉马哥孛罗酒店(武汉市江岸区沿江大道159号时代广场)
日期 时间 课程名称 课程内容
4月16日 (周六) 08:30-09:00 开班仪式-欢迎致辞 授课老师及学员介绍
09:00-09:45 代谢组学简介及应用 1.  代谢组学简介   2.  代谢组学三大研究平台基本介绍     3.  代谢组学的应用领域
09:45-10:30 代谢组学实验方法及操作流程 1.  代谢组学一般实验流程   2.  代谢组学样本收集及注意事项
10:30-10:45 茶歇
10:45-12:00 NMR基础及数据处理专题 1.  NMR基本知识简介    2.  基于NMR的不同代谢组数据处理方法及比较 3.  NMR代谢组案例解析
12:00-13:00 午餐
13:00-13:30 1. 现场演示液氮模样2. 现场制作液氮冰淇淋,免费品尝
13:30-15:00 LC-MS基础及数据处理专题 1.  LC-MS基本知识简介   2.  LC-MS定性定量技术要点   3.  XCMS数据处理方法
15:00-15:15 茶歇
15:15-16:45 GC-MS基础及数据处理专题 1.  GC-MS基本知识简介    2.  GC-MS定性定量技术要点 3.  GC-MS数据处理方法    4.  LC-MS和GC-MS在广筛中的应用
15:15-17:00 答疑
17:30-19:00 欢迎晚宴
08:30-09:30 统计学数据解析 1.   预处理、归一化    2.  PCA、PLS-DA、OPLS-DA、ROC 3.  模型构建、验证     4.  差异物筛选     5. 聚类分析   6.  热图 7.  差异代谢通路分析
4月17日 (周日) 09:30-10:30 如何针对代谢组的数据特点 选择合适的统计学方法 1.  代谢组学的数据特点 2.  如何选择合适的统计学方法
10:30-10:45 茶歇
10:45-11:10 11:10-11:35 11:35-12:00 案例解析 代谢组学在医学领域的应用 代谢组学在动物营养研究中的应用 代谢组学在植物研究中的应用
12:00-13:00 午餐
13:00-13:30 趣味科学分享——搞笑诺贝尔奖
13:30-15:00 15:00-15:15 代谢组学实验策略及文章发表 1.   代谢组学实验设计,代谢组与既有研究方向如何结合,如何帮助我们 2.  文章发表中数据的利用及图表的选择    3.  代谢组数据发表杂志的方向 4.   专业代谢组方向杂志期刊的影响因子、实验数据要求及对代谢组实验 研究标准的倡议书
15:15-16:30 茶歇
16:30-17:00 脂质组学简介及应用 1.    脂质组学简介     2.  基于质谱的脂质组学研究方法    3.  脂质组学的应用
交流活动

 相关事项说明如下:

培 训 费:3500元/人(含学费、资料费、午餐及欢迎晚宴),住宿自理 报名事项:2016年3月15日前完成缴费,培训费9折优惠 报名截止日期:2016年4月15日(报满截止,不接受现场报名缴费) 报名人数:人数限制为35人 报名格式:发送您的姓名、单位、研究方法、联系方式和邮箱地址      至:zhiping.xu@anachro.com完成报名工作。      

 转账方式:

汇款到以下账户,不接受现金 开户名: 武汉安隆科讯技术有限公司    
开户行: 建行武汉省直支行 帐 号: 42001868608053029721    
税 号: 420105587996854  汇款时请务必注明学员姓名、单位和“安隆科讯培训班”字样;    汇款后请将汇款凭证电子版发送至    邮箱zhiping.xu@anachro.com,以确保汇款安全。

 联系方式:

联系地点:武汉市武昌区和平大道1178号,武汉安隆科讯技术有限公司 联系人:徐志平 
联系电话:17771863626 
     
027-87258771 
邮箱:
zhiping.xu@anachro.com
多组学交叉

多组学交叉

 组学交叉验证

应用前景:
许多研究做了详细的上游组学研究,如何将基因组、蛋白组的分析延续下去,怎样才能得到生物体内系统性的准确关联,代谢组可以非常好的帮助补充和验证上游组学的数据,使研究结论更可靠。

多组学结合研究高脂饮食和胰岛素治疗

小鼠的脂肪和肝组织以确定路径变化和分子中心

研究背景

糖尿病研最初的蛋白质组学研究通常仅限于调节蛋白的几个简短的列表中,而最近代谢组在血液(血浆或血清)中的研究结果表明,代谢组学对糖尿病小鼠和病人具有潜在的生理放松管制的作用。近期,有研究将RNA表达和代谢物的分析联合用于糖尿病小鼠模型,然而这些研究并不能系统地破译潜在的最具功能性的相关蛋白质的影响。

研究目的

综合使用脂肪组织和肝脏组织的转录、蛋白质和代谢物的数据,进一步探讨糖尿病药物—罗格列酮(RGZ)的影响,RGZ是一种可以特异性结合过氧化物酶体增生激活型受体γ(PPARγ)的噻唑烷二酮类药物。

实验设计

1. 造模实验:高脂饮食造模抗胰岛素的营养性肥胖(DIO)小鼠,并分两组,其中一组添加RGZ治疗,另低脂饮食小鼠做对照组,每组各13只
2. 样本收集:解剖肝脏和内脏的白色脂肪组织,用磷酸盐缓冲盐水洗(PBS,pH7.4),再用液氮冲击冷冻。将血浆和组织在−80°C条件下保存
3. 基因表达分析:采用标准的程序来分析基因组范围内的RNA表达,然后用标准的琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭染色来检查RNA的完整性;
  从治疗组中,随机选择小鼠作为分析的样本,每组至少3个生物平行样
3. 基因表达分析:采用标准的程序来分析基因组范围内的RNA表达,然后用标准的琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭染色来检查RNA的完整性; 从治疗组中,随机选择小鼠作为分析的样本,每组至少3个生物平行样
4. 蛋白表达分析:每队随机选取8只小鼠,在冷冻条件下收集脂肪组织及肝脏组织样本;分离蛋白并采用LC-MS检测分析蛋白质
5. 代谢组分析:从治疗组中随机选择8只小鼠,收集组织样本并进行浓缩冷冻,采用LC-MS/MS分析目标性代谢产物

研究结果

1药代动力学参数与基线内源性分子的关系:
  • 本文从三个生物层次上,为体内有关疾病提供了综合的组学数据。如果把这些“视觉印象”转化成数字,那么转录组比率表现出了最小的标准偏差0.122,蛋白组学为0.329,而代谢组学表现出了最大的标准偏差0.535。将个体的RNA的表达水平与相应蛋白质进行比较,得到平均相关系数为65%,表明基因与相应蛋白的表达层次之间有很微小的相关性,而在路径层次上的调节作用表现出了73%的较高的平均相关系数。
  • 这项研究在路径层次上提高了基因和蛋白的相关性,表明生理可塑性会中和外周组织,如WAT和肝组织的慢性代谢应激反应,从而会导致基因和蛋白的协同作用。
2网络分析:

  • WAT组织中,只有在LFD/HFD和RGZ-HFD/HFD中表达下调的蛋白才会产出大量的关系网;而在肝组织中产生相反的结果。而这些网络信息属于能量代谢。
  • 通过直接对比LFD和RGZ-HFD的网络可以发现RGZ治疗会使HFD(高脂)的部分代谢情况回到类似LFD(低脂)的情况下,同时它会导致TCA和OXPHOS网络的中和。
3转录组学,蛋白质组学和代谢组学数据的整合:

  • 显然,由于目前技术的成熟度和可行性,RNA的表达数据是目前最全面和最翔实的,它包括超过10 000种检测到的基因;其次是蛋白质数据集,包含约3500种检测到的蛋白质以及代谢物的数据集,包含几百个分子。
  • 分析结果显示,在HFD的结果中,线粒体能量代谢和氨基酸代谢是WAT中最重要路径;在肝组织中,观察到氧化磷酸化和核糖体是HFD小鼠体内最开放的路径。
  • 与PPARα相比,PPARγ和RGZ表现出了较高的特异性。
  • TCA结果表明,尽管RNA和蛋白的表达上调,但是TCA循环中的代谢物除了乙酰辅酶A以外,其他的都是下调。因此,RNA或蛋白质的上调水平并不一定意味着更多代谢产物的存在,但可能表明恢复代谢平衡的代偿的相对影响。
  • 观察到RNA和蛋白质数据集的BCAA路径水平有明显的上调;最近一项关于病态肥胖2型糖尿病患者的研究表明,血液中BCAA的减少会导致胃旁路手术,它与改善血糖调节相关。
研究结论
本文整合转录组学、蛋白质组学和代谢组学的数据集,对哺乳动物组织中疾病的状态和临床前的医疗干预进行分析。

  1. 这项研究在WAT和肝组织中发现了许多糖尿病患者血浆中的生物标志物,如BCAAs和酰基肉碱;此外,还进一步检测到了许多基于RNA,蛋白质和代谢物的的生物标志物。
  2. 观察到TCA循环和OXPHOS中的HFD表达上调的响应蛋白有WAT中的DHB和SUCLG;表达下调的蛋白包括肝组织中的PDXDC1和DHFR。
  3. 检测到了维生素B组的代谢产物下调;
  4. Sph/S1P对是肝脏中外源性的影响潜在标志物;
  5. 利用网络和路径的分析证明了在主要的代谢路径中HFD的不良反应,以及在WAT中RGZ治疗特定的恢复能力。

原文索引:
Sun, J.; Zhou, J.; Wang, Z.; He, W.; Zhang, D.; Tong, Q.; Su, X. Multi-omics based changes in response to cadmium toxicity in Bacillus licheniformis A. RSC Adv. 2015, 5, 7330-7339. (IF:3.840) (chenomx)

多组学交叉2015年发表的文献

  1. Vitali, B.; Cruciani, F.; Picone, G.; Parolin, C.; Donders, G.; Laghi, L. Vaginal microbiome and metabolome highlight specific signatures of bacterial vaginosis. European journal of clinical microbiology & infectious diseases 2015, 34, 2367-2376. (IF:2.668)
  2. Georg Homuth, Alexander Teumer, Uwe Völker and Matthias Nauck, A description of large-scale metabolomics studies: increasing value by combining metabolomics with genome-wide SNP genotyping and transcriptional profiling, J Endocrinol October 1, 2012215 17-28. (IF:4.058)
  3. Young-Man Kim, Sung-Eun Lee, […], and Jong Hwa Yum, Proteomic Analysis on Acetate Metabolism in Citrobacter sp. BL-4, Int J Biol Sci.2012;8(1):66-78. (IF:3.168)
  4. Susana Sánchez-Tena, Fernando J. Reyes-Zurita, Santiago Díaz-Moralli, Maria Pilar Vinardell, Michelle Reed, Francisco García-García, Joaquín Dopazo, José A. Lupiáñez, Ulrich Günther, Marta Cascante, Maslinic Acid-Enriched Diet Decreases Intestinal Tumorigenesis in ApcMin/+Mice through Transcriptomic and Metabolomic Reprogramming, PLoS ONE 8(3): e59392. (IF:4.092)